台北医学大学强调以学生为中心的全人教育，通识与专业并重。2006年起，已连续4年获得教育部教学卓越计画补助。2010年更与国家卫生研究院、中央研究院合办「神经再生博士学位学程」及「癌症生物学与药物研发博士学位学程」。「培育兼具人文关怀、社会服务热忱及国际观的医事专业人才」是北医的教育宗旨；50年来，北医人就诞生17位医疗奉献奖得主，他们无私奉献社会的精神是全国学子的最佳典范。2010年获教育部评选为全国二所「通识领航大学」之一。
北医有87个学生社团，为全国密度最高的学校之一：其中，管絃樂团及杏声合唱团，多次夺得大专乐团优等奖项；服务性社团每年參与服务同学超过上千人次，屡屡荣获杰出奖项；在全国性的医学杯球类赛与大专校院运动会上，成果一样傲人。
本校学生的申请入学成绩，排名居私校第1、2名；在大学评鉴中，为医学类组中，唯一获得6项绩优的大学。北医为全国国际标准化最完整的大学，目前已通过品质、环境、温室气体、资讯、职业安全（ISO9001、14001、14064-1、27001、OHSAS18001）等国际标准化，是国内第一所通过WHO国际安全学校认证的医学大学，也是全国率先完成WHO人体实验认证（FERCAP）的大学。2010年更获得全国最高品质奖项「第20届行政院国家品质奖」。
